生殖遗传教育部重点实验室基础研究区域坐落于浙江大学紫金港校区(约1000平米)和华家池校区(约800平米),另在附属妇产科医院和附属儿童医院内有临床转化研究基地(约5800平米),总共拥有7600平方米的专用科研用房面积。